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© Bernd Degen
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Institute of

FG Forest Genetics

Dr. habil. Bernd Degen

Institute of Forest Genetics

Sieker Landstraße 2
22927 Großhansdorf
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bernd.degen@thuenen.de

Head of the Institute of Forest Genetics

1987-1993: Study of forestry at Georg-August-University Göttingen, Germany  

1993-1996: Doctorate at faculty of forestry at Georg-August-University Göttingen with doctoral thesis in forest genetics: ‘Modellgestützte Systemanalyse der Dynamik adaptiver Potentiale von Baumpopulationen’ (‘System analysis of the dynamics of adaptive potentials of tree populations by use of computer models’)  

10/1998 – 05/2004: Scientist and head of the forest genetic lab at INRA (INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE) in Kourou, French Guyana  

Since 06/2004: Director and Professor / Head of the Thuenen Institute of Forest Genetics, Germany  

Since 2004: Editor-in-Chief of the international journal Silvae Genetica

12/2005: Habilitation at the Department of Biology at the University of Hamburg about the theme: “Studies on structure and dynamics of genetic variation of tree populations in temperate and tropical forests – contributions to a comparison”, Venia legendi for the area Applied Botany  

Since 2004: National coordinator of Germany for the European Network of Forest Genetic Resources (EUFORGEN)

 

Focus of actual research:

  • Large scale genetic inventories of trees using SNP-arrays
  • Genome-wide-association studies and genetic selection
  • Optimizing breeding strategies

 

Development of computer programs in the fields of population genomics and quantitative genetics

  • Program for the analysis of spatial genetic structures (SGS)
  • Program to assign the geographic origin based on genetic and metric data (GeoAssign)
  • Program for population genetic data analysis (GDA_NT 2021)
  • Program to optimize sampling and breeding strategies using genomic data (SNPscan)

 

Publications

  1. 0

    Kroiher F, Michler B, Ammer C, Blaschke M, Daur N, Degen B, Gärtner S, Goßner MM, Kätzel R, Kleinschmit J, Krüger I, Meyer P, Michel AK, Storch F, Wirth C, Bolte A (2024) 2. Fachworkshop "Nationales Biodiversitätsmonitoring im Wald (NaBioWald)" : April 2023, Leipzig. Braunschweig: Johann Heinrich von Thünen-Institut, 65 p, Thünen Working Paper 241, DOI:10.3220/WP1717052228000

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn068325.pdf

  2. 1

    Kroiher F, Michler B, Ammer C, Blaschke M, Daur N, Degen B, Dieker P, Elmer M, Gärtner S, Goßner MM, Kätzel R, Kleinschmit J, Krüger I, Meyer P, Michel AK, Sanders TGM, Wirth C, Züghart W, Bolte A (2024) 3. Fachworkshop "Nationales Biodiversitätsmonitoring im Wald (NaBioWald)" : Januar 2024, online. Braunschweig: Johann Heinrich von Thünen-Institut, 48 p, Thünen Working Paper 242, DOI:10.3220/WP1717056148000

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn068326.pdf

  3. 2

    Bouka GUD, Doumenge C, Ekue MRM, Duminil J, Florence J, Degen B, Loumeto JJ, McKey D, Hardy OJ (2024) Genetic differentiation in Khaya Ivorensis A. Chev., a threaten tree of evergreen African rainforests. Tree Genetics Genomes 20(6):41, DOI:10.1007/s11295-024-01676-4

  4. 3

    Lazic D, Geßner C, Liepe KJ, Lesur-Kupin I, Mader M, Blanc-Jolivet C, Gömöry D, Liesebach M, González-Martínez SC, Fladung M, Degen B, Müller NA (2024) Genomic variation of a keystone forest tree species reveals signals of local adaptation despite high levels of phenotypic plasticity [Preprint]. Cold Spring Harbor: bioRxiv, 20 p, DOI:10.1101/2023.05.11.540382

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn068472.pdf

  5. 4

    Müller NA, Geßner C, Mader M, Blanc-Jolivet C, Fladung M, Degen B (2024) Genomic variation of European beech across its distribution range reveals patterns of local adaptation and future maladaptation. In: Forests & society towards 2050 : 26th IUFRO World Congress, Stockholm, Sweden, 23-29 June 2024 ; Book of abstracts. p 2218

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn068715.pdf

  6. 5

    Lazic D, Geßner C, Liepe KJ, Lesur-Kupin I, Mader M, Blanc-Jolivet C, Gömöry D, Liesebach M, González-Martínez SC, Fladung M, Degen B, Müller NA (2024) Genomic variation of European beech reveals signals of local adaptation despite high levels of phenotypic plasticity. Nature Comm 15:8553, DOI:10.1038/s41467-024-52933-y

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn068915.pdf

  7. 6

    Yanbaev Y, Degen B, Yumaguzhin F, Nikolenko A, Gabitov I, Chudov I (2024) Spatial analysis of genetic variation in a natural population of the dark forest bee (Apis mellifera mellifera L.) from the Southern Urals (Russia). Int J Environ Stud 81(3):1441-1454, DOI:10.1080/00207233.2022.2058768

  8. 7

    Capo LFM, Degen B, Blanc-Jolivet C, Tysklind N, Cavers S, Mader M, Meyer-Sand BRV, Paredes-Villanueva K, Honorio Coronado EN, Garcia-Davila CR, Troispoux V, Delcamp A, Sebbenn AM (2024) Timber tracking of Jacaranda copaia from the Amazon Forest using DNA fingerprinting. Forests 15(8):1478, DOI:10.3390/f15081478

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn068996.pdf

  9. 8

    Degen B, Müller NA (2023) A simulation study comparing advanced marker-assisted selection with genomic selection in tree breeding programs. G3 Genes Genomes Genetics 13(10):jkad164, DOI:10.1093/g3journal/jkad164

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn066939.pdf

  10. 9

    Degen B, Blanc-Jolivet C, Mader M, Yanbaeva V, Yanbaev Y (2023) Introgression as an important driver of geographic genetic differentiation within European white oaks. Forests 14(12):2279, DOI:10.3390/f14122279

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn067236.pdf

  11. 10

    Degen B, Müller NA (2023) Produktion von höherwertigem Saatgut in Buchenbeständen mit Hilfe von Genomanalysen. Thünen Rep 105:128-133

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn066290.pdf

  12. 11

    Degen B, Müller NA (2023) SNPscan breeder - a computer program to test genomic tools in breeding programs. Silvae Genetica 72(1):126-131, DOI:10.2478/sg-2023-0013

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn066938.pdf

  13. 12

    Daur N, Schmitz F, Volz H-A, Emde FA, Großheim C, Bolte A, Degen B, Rock J, Schwärzel K, Berendes K-H, Bräsicke N, Frühauf C, Leppelt T, Heitkamp F, Steiner W, Hartebrodt C, Hengst Y, Jacob A, Hamberger J, Becher R, et al (2023) Wälder und ihre Bewirtschaftung im Klimawandel : Handlungsempfehlungen auf Grundlage des Maßnahmenprogramms zur Umsetzung der Agenda Anpassung von Land- und Forstwirtschaft sowie Fischerei und Aquakultur an den Klimawandel ; Bericht der BLAG ALFFA. BLAG ALFFA, 51 p

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn066279.pdf

  14. 13

    Mader M, Blanc-Jolivet C, Kersten B, Liesebach H, Degen B (2022) A novel and diverse set of SNP markers for rangewide genetic studies in Picea abies. Conserv Genet Resources 14(3):267-270, DOI:10.1007/s12686-022-01276-1

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn064912.pdf

  15. 14

    Blanc-Jolivet C, Mader M, Liesebach H, Kersten B, Degen B (2022) A set of nuclear SNP loci derived from single sample double digest RAD and from pool sequencing for large-scale genetic studies in the European beech Fagus sylvatica. Conserv Genet Resources 14(2):151-153, DOI:10.1007/s12686-022-01256-5

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn065716.pdf

  16. 15

    Degen B (2022) GDA-NT 2021 - a computer program for population genetic data analysis and assignment. Conserv Genet Resources 14(4):347-350, DOI:10.1007/s12686-022-01283-2

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn065663.pdf

  17. 16

    Bouka GUD, Doumenge C, Ekue MRM, Dainou K, Florence J, Degen B, Loumeto JJ, McKey DB, Hardy OJ (2022) Khaya revisited: Genetic markers and morphological analysis reveal six species in the widespread taxon K. anthotheca. Taxon 71(4):814-832, DOI:10.1002/tax.12720

  18. 17

    Degen B, Yanbaev Y, Ianbaev R, Blanc-Jolivet C, Mader M, Bakhtina S (2022) Large-scale genetic structure of Quercus robur in its eastern distribution range enables assignment of unknown seed sources. Forestry 95(4):531-547, DOI:10.1093/forestry/cpac009

  19. 18

    Degen B, Blanc-Jolivet C, Bakhtina S, Ianbaev R, Yanbaev YA, Mader M, Nürnberg S, Schröder H (2021) Applying targeted genotyping by sequencing with a new set of nuclear and plastid SNP and indel loci for Quercus robur and Quercus petraea. Conserv Genet Resources 13:345-347, DOI:10.1007/s12686-021-01207-6

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn063676.pdf

  20. 19

    Schröder H, Palczewski S, Degen B (2021) Development of D-Loop mitochondrial markers for amplification of prey DNA from wolf scat. Conserv Genet Resources 13:1-4, DOI:10.1007/s12686-020-01169-1

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn062682.pdf

  21. 20

    Blanc-Jolivet C, Mader M, Bouda ZH-N, Massot M, Dainou K, Yene G, Opuni-Frimpong E, Degen B (2021) Development of new SNP and INDEL loci for the valuable African timber species Lophira alata. Conserv Genet Resources 13:85-87, DOI:10.1007/s12686-020-01173-5

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn063410.pdf

  22. 21

    Degen B, Yanbaev YA, Blanc-Jolivet C, Ianbaev R, Bakhtina S, Mader M (2021) Genetic comparison of planted and natural Quercus robur stands in Russia. Silvae Genetica 70:1-8, DOI:10.2478/sg-2021-0001

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn063194.pdf

  23. 22

    Degen B, Yanbaev YA, Ianbaev R, Bakhtina S, Tagirova A (2021) Genetic diversity and differentiation among populations of the pedunculate oak (Quercus robur) at the eastern margin of its range based on a new set of 95 SNP loci. J Forest Res 32:2237-2243, DOI:10.1007/s11676-020-01265-w

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn063674.pdf

  24. 23

    Degen B, Yanbaev YA, Ianbaev R, Bakhtina S, Gabitova AA, Tagirova A (2021) Genetic diversity and differentiation of northern populations of pedunculate oak based on analysis of new SNP markers. Russ J Genet 57(3):374-378, DOI:10.1134/S1022795421030054

  25. 24

    Liesebach M, Wolf H, Beez J, Degen B, Erley M, Haverkamp M, Janßen A, Kätzel R, Kahlert K, Kleinschmit J, Paul M, Voth W (2021) Identifizierung von für Deutschland relevanten Baumarten im Klimawandel und länderübergreifendes Konzept zur Anlage von Vergleichsanbauten - Empfehlungen der Bund-Länder-Arbeitsgruppe „Forstliche Genressourcen und Forstsaatgutrecht“ zu den Arbeitsaufträgen der Waldbaureferenten. Braunschweig: Johann Heinrich von Thünen-Institut, 51 p, Thünen Working Paper 172, DOI:10.3220/WP1617712541000

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn063527.pdf

  26. 25

    Degen B, Yanbaev YA, Mader M, Ianbaev R, Bakhtina S, Schröder H, Blanc-Jolivet C (2021) Impact of gene flow and introgression on the range wide genetic structure of Quercus robur (L.) in Europe. Forests 12:1425, DOI:10.3390/f12101425

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn064066.pdf

  27. 26

    Kraft N, Bolte A, Degen B, Dieter M, Krause A, Rüter S (2021) Thünen erklärt: Warum Waldnutzung auch Klimaschutz ist: so wird der Klimaschutzeffekt der Wälder optimiert [online]. , zu finden in <https://thuenen.pageflow.io/warum-waldnutzung-auch-klimaschutz-ist#314750> [zitiert am 20.12.2021]

  28. 27

    Blanc-Jolivet C, Bakhtina S, Yanbaev R, Yanbaev YA, Mader M, Guichoux E, Degen B (2020) Development of new SNPs loci on Quercus robur and Quercus petraea for genetic studies covering the whole species’ distribution range. Conserv Genet Resources 12:597-600, DOI:10.1007/s12686-020-01141-z

  29. 28

    Pakull B, Schindler L, Mader M, Kersten B, Blanc-Jolivet C, Paulini M, Lemes MR, Ward S, Navarro CM, Cavers S, Sebbenn AM, Dio Odi, Guichoux E, Degen B (2020) Development of nuclear SNP markers for Mahogany (Swietenia spp.). Conserv Genet Resources 12:585-587, DOI:10.1007/s12686-020-01162-8

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn063132.pdf

  30. 29

    Blanc-Jolivet C, Mader M, Bouda ZH-N, Guichoux E, Yene G, Opuni-Frimpong E, Degen B (2020) Development of SNP markers for the African timber species Nauclea diderrichii. Conserv Genet Resources 12:357-359, DOI:10.1007/s12686-019-01115-w

  31. 30

    Degen B (2020) Forstpflanzenzüchtung in Deutschland im internationalen Vergleich - Erreichtes, Potentiale, Grenzen. Thünen Rep 76:260-266

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn062246.pdf

  32. 31

    Garcia-Davila CR, Aldana Gomero D, Renno J-F, Diaz Soria R, Hidalgo Pizango G, Flores Llampazo G, Castro-Ruiz D, Mejia de Loayza E, Angulo Chavez C, Mader M, Tysklind N, Paredes-Villanueva K, del Castillo Torres D, Degen B, Honorio Coronado EN (2020) Molecular evidence for three genetic species of Dipteryx in the Peruvian Amazon. Genetica 148:1-11, DOI:10.1007/s10709-019-00082-2

  33. 32

    Paredes-Villanueva K, Blanc-Jolivet C, Mader M, Honorio Coronado EN, Garcia-Davila CR, Sebbenn AM, Meyer-Sand BRV, Caron H, Tysklind N, Cavers S, Degen B (2020) Nuclear and plastid SNP markers for tracing Cedrela timber in the tropics. Conserv Genet Resources 12:239-244, DOI:10.1007/s12686-019-01110-1

  34. 33

    Schmitz N, Beeckman H, Blanc-Jolivet C, Boeschoten L, Braga JWB, Cabezas JA, Chaix G, Crameri S, Degen B, Deklerck V, Dormontt EE, Espinoza E, Gasson P, Haag V, Helmling S, Horacek M, Koch G, Lancaster C, Olbrich A, Zemke V, et al (2020) Overview of current practices in data analysis for wood identification : A guide for the different timber tracking methods. GTTN secretariat, European Forest Institute and Thünen Institute, 141 p, DOI:10.13140/RG.2.2.21518.79689

  35. 34

    Honorio Coronado EN, Blanc-Jolivet C, Mader M, Garcia-Davila CR, Aldana Gomero D, del Castillo Torres D, Flores Llampazo G, Hidalgo Pizango G, Sebbenn AM, Meyer-Sand BRV, Paredes-Villanueva K, Tysklind N, Troispoux V, Massot M, Carvalho C, de Lima HC, Cardoso D, Degen B (2020) SNP markers as a successful molecular tool for assessing species identity and geographic origin of trees in the economically important South American legume genus Dipteryx. J Heredity 111(4):346-356, DOI:10.1093/jhered/esaa011

  36. 35

    Tysklind N, Blanc-Jolivet C, Mader M, Meyer-Sand BRV, Paredes-Villanueva K, Honorio Coronado EN, Garcia-Davila CR, Sebbenn AM, Caron H, Troispoux V, Guichoux E, Degen B (2019) Development of nuclear and plastid SNP and INDEL markers for population genetic studies and timber traceability of Carapa species. Conserv Genet Resources 11(3):337-339, DOI:10.1007/s12686-019-01090-2

  37. 36

    Honorio Coronado EN, Blanc-Jolivet C, Mader M, Garcia-Davila CR, Sebbenn AM, Meyer-Sand BRV, Paredes-Villanueva K, Tysklind N, Troispoux V, Massot M, Degen B (2019) Development of nuclear and plastid SNP markers for genetic studies of Dipteryx tree species in Amazonia. Conserv Genet Resources 11(3):333-336, DOI:10.1007/s12686-019-01081-3

  38. 37

    Schmitz N, Blanc-Jolivet C, Cervera MT, Chavesta M, Cronn R, Deklerck V, Diaz-Sala C, Dormontt EE, Gasson P, Gehl D, Haag V, Hermanson JC, Honorio Coronado EN, Lancaster C, Lens F, Liendo Hoyos EP, Martinez-Jarquin S, Montenegro R, Degen B, Koch G, et al (2019) General sampling guide for timber tracking : How to collect reference samples for timber identification. GTTN (Global Timber Tracking Network), 43 p, DOI:10.13140/RG.2.2.26883.96806

  39. 38

    Degen B, Yanbaev R, Yanbaev YA (2019) Genetic differentiation of Quercus robur in the South-Ural. Silvae Genetica 68(1):111-115, DOI:10.2478/sg-2019-0019

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn061720.pdf

  40. 39

    Pakull B, Ekue MRM, Bouka Dipelet UG, Doumenge C, McKey DB, Loumeto JJ, Opuni-Frimpong E, Yorou SN, Nacoulma BMY, Guelly KA, Ramamonjisoa L, Thomas D, Guichoux E, Loo J, Degen B (2019) Genetic diversity and differentiation among the species of African mahogany (Khaya spp.) based on a large SNP array. Conserv Genet(20):1035-1044, DOI:10.1007/s10592-019-01191-3

  41. 40

    Schöning-Stierand K, Schröder H, Degen B, Kersten B (2019) Identification of tree species in wood composite products by DNA barcoding. Genome 62(6):431-432, DOI:10.1139/gen-2019-0083

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn062455.pdf

  42. 41

    Chaves CL, Blanc-Jolivet C, Sebbenn AM, Mader M, Meyer-Sand BRV, Paredes-Villanueva K, Honorio Coronado EN, Garcia-Davila CR, Tysklind N, Troispoux V, Massot M, Degen B (2019) Nuclear and chloroplastic SNP markers for genetic studies of timber origin for Hymenaea trees. Conserv Genet Resources 11(3):329-331, DOI:10.1007/s12686-018-1077-1

  43. 42

    Sebbenn AM, Blanc-Jolivet C, Mader M, Meyer-Sand BRV, Paredes-Villanueva K, Honorio Coronado EN, Garcia-Davila CR, Tysklind N, Troispoux V, Delcamp A, Degen B (2019) Nuclear and plastidial SNP and INDEL markers for genetic tracking studies of Jacaranda copaia. Conserv Genet Resources 11(3):341-343, DOI:10.1007/s12686-019-01097-9

  44. 43

    Schröder H, Yanbaev YA, Kersten B, Degen B (2019) Short note: Development of a new set of SNP markers to measure genetic diversity and genetic differentiation of Mongolian oak (Quercus mon­golica Fisch. ex Ledeb.) in the Far East of Russia. Silvae Genetica 68(1):85-91, DOI:10.2478/sg-2019-0016

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn061455.pdf

  45. 44

    Blanc-Jolivet C, Yanbaev YA, Kersten B, Degen B (2018) A set of SNP markers for timber tracking of Larix spp. in Europe and Russia. Forestry 91(5):614–628, DOI:10.1093/forestry/cpy020

  46. 45

    Chaves CL, Degen B, Pakull B, Mader M, Honorio E, Ruas P, Tysklind N, Sebbenn AM (2018) Assessing the ability of chloroplast and nuclear DNA gene markers to verify the geographic origin of Jatoba (Hymenaea courbaril L.) timber. J Heredity 109(5):543-552, DOI:10.1093/jhered/esy017

  47. 46

    Mader M, Pakull B, Blanc-Jolivet C, Paulini-Drewes M, Bouda ZH-N, Degen B, Small I, Kersten B (2018) Complete chloroplast genome sequences of four Meliaceae species and comparative analyses. Int J Mol Sci 19(3):701, DOI:10.3390/ijms19030701

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn059780.pdf

  48. 47

    Meyer-Sand BRV, Blanc-Jolivet C, Mader M, Paredes-Villanueva K, Tysklind N, Sebbenn AM, Guichoux E, Degen B (2018) Development of a set of SNP markers for population genetics studies of Ipe (Handroanthus sp.), a valuable tree genus from Latin America. Conserv Genet Resources 10(4):779-781, DOI:10.1007/s12686-017-0928-5

  49. 48

    Blanc-Jolivet C, Kersten B, Bourland N, Guichoux E, Delcamp A, Doucet J-L, Degen B (2018) Development of nuclear SNP markers for the timber tracking of the African tree species Sapelli, Entandrophragma cylindricum. Conserv Genet Resources 10(3):539-541, DOI:10.1007/s12686-017-0872-4

  50. 49

    Schröder H, Kersten B, Yanbaev YA, Degen B (2018) DNA-marker sets for determination of white oaks (section Quercus) in wood products. Thünen Rep 62:107-112

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn060303.pdf

  51. 50

    Schröder H, Degen B (2018) Einsatz molekularer Marker zur Art- und Herkunftsbestimmung von Bäumen und Holz. Jb Baumpflege 22:261-266

  52. 51

    Blanc-Jolivet C, Yanbaev YA, Degen B (2018) Genetic timber tracking of Larix sp. in Eurasia. Thünen Rep 62:89-93

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn060394.pdf

  53. 52

    Kersten B, Mader M, Müller NA, Fladung M, Degen B, Liesebach M, Liesebach H (2018) Genome-wide scan for diagnostic markers for bud burst in beech. In: Di Filippo A, Madsen P, Matsui T, Pederson N, Piovesan G, Sagheb-Talebi K (eds) 11th International Beech Symposium "Natural and managed beech forests as reference ecosystems for the sustainable management of forest resources and the conservation of biodiversity", 18-21 September 2018 ; International Union of Forest Research Organizations (IUFRO) Group 1.01.07 - "Ecology and Silviculturae of Beech". Viterbo: IUFRO, p 14

  54. 53

    Schröder H, Kersten B, Degen B (2018) Herkunftsnachweis von Weißeichenproben innerhalb Europas. In: Ammer C, Bredemeier M, Arnim G von (eds) FowiTa : Forstwissenschaftliche Tagung 2018 Göttingen ; Programm & Abstracts ; 24. bis 26. September 2018. Göttingen: Univ Göttingen, Fakultät für Forstwissenschaften und Waldökologie, p 285

  55. 54

    Degen B, Schröder H, Blanc-Jolivet C, Yanbaev YA (2018) Twenty years German-Russian co-operation for genetic diversity in forests. Thünen Rep 62:69-72

    https://literatur.thuenen.de/digbib_extern/dn060393.pdf

  56. 55

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