Institut für
BD Biodiversität
Projekt
Mikrobiomanalysen - Methodenentwicklung und Bioinformatik
Entwicklung molekularer Methoden zur Charakterisierung von Mikrobieller Gemeinschaften aus Böden und anderen natürlichen und technischen Habitaten
Mit Hilfe eines neuen Methodenrepertoirs soll die Vielfalt und Funktion mikrobieller Gemeinschaften in Böden und anderen Habitaten untersucht werden um darauf aufbauend Strategien zu entwickeln, deren Leistungen für agrar-relevante Prozesse zu schützen und zu nutzen.
Hintergrund und Zielsetzung
Mikrobielle Aktivitäten liefern die Basis für eine nachhaltige Nutzbarkeit landwirtschaftlicher Böden, die Wachstumsförderung von Kulturpflanzen und deren Schutz vor pathogenen, den Abbau von Reststoffen, auch zur Herstellung hochwertiger Dünger, und zur Gewinnung von Bioenergie.
Fast alle wichtigen mikrobiologischen Leistungen werden durch komplex zusammengesetzte Gemeinschaften kooperativ erbracht. Die Einzelorganismen, deren veränderliche Zusammensetzung zu Gemeinschaften und deren Wechselwirkungen und Veränderungen durch Umweltfaktoren sind bisher kaum verstanden.
Neue molekulare Methoden, die auf der Analysen von direkt extrahierten Nukleinsäuren basieren, bieten Ansatzpunkte, diese Gemeinschaften zu verstehen und letztendlich so zu managen, dass sie für eine ökologisch freundliche Landwirtschaft nutzbar werden.
Vorgehensweise
Die Entwicklung bezieht sich auf Methoden, die unabhängig von der Kultivierung von Mikroorganismen auf Nährböden im Labor basieren:
- Verfahren zur Extraktion und Reinigung von DNA und RNA aus Umweltproben (Boden, Grundwasser, Darminhalt, ...)
- PCR Verfahren zur Quantifizierung mikrobieller Gruppen und zum genetischen Fingerprinting von mikrobiellen Gemeinschaften
- Sequenzierung des Mikrobioms aus Böden und anderen relevanten Habitaten (z.B. Komposten, Biogasanalagen, ...)
- Nutzbarkeit von Bioinformatik zur Bearbeitung großer Datensätze
- Spezifische Nachweisverfahren von fördernden und pathogenen Mikroorganismen, letztere auch mit dem Ziel, Tierversuche stark einzuschränken.
- Kopplung von struktureller und funktioneller Diversität mit Isotopen-Analysen von markierten Nukleinsäuren, z.B. mit der stabilen Isotopen Technik (stable isotope probing, SIP)
Unsere Forschungsfragen
Beispiele
- Welche Mikroorganismen leben in einer Gemeinschaft?
- Welche Aktivitäten vollbringen sie dort?
- Wer kooperiert mit wem? Lassen sich synergistische und antanostische Wechselwirkungen aufspüren?
- Wie variabel sind die Gemeinschaften, welche Mitglieder sind essentiell, auf welche kann verzichtet werden? Wie reagieren sie auf eine veränderte Umwelt?
Vorläufige Ergebnisse
Methoden wurden entwickelt, mit denen es möglich ist, DNA und RNA direkt aus Böden zu extrahieren um ohne Kultivierung Nachweise über Identität und Aktivität von Bodenmikroorganismen führen zu können. Mit Hilfe einer neuen Methoden zum genetischen ?Fingerprinting? können auch auf größeren Skalen Umwelteinflüsse und andere Einflussfaktoren auf mikrobielle Gemeinschaften in Agrarökosystemen untersucht werden.
Neue Methoden zur Sequenzierung des Metagenoms (Mikrobioms) wurden etabliert, Bioinformatik nutzbar gemacht.
Thünen-Ansprechperson
Thünen-Beteiligte
Zeitraum
Daueraufgabe 1.2001 - 10.2024
Weitere Projektdaten
Projektstatus:
läuft
Publikationen
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Schrader L, Tebbe CC, Trautner J, Brischke C (2024) Ability of Perenniporia meridionalis to degrade selected European-grown hardwoods. Int Biodeterior Biodegrad 194:105863, DOI:10.1016/j.ibiod.2024.105863
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Russell DJ, Tebbe CC, Ashwood F, Scheunemann N, Hohberg K (2024) Beeindruckende Vielfalt des Bodenlebens. Natur Landsch 99(9+10):426-435, DOI:10.19217/NuL2024-09-01
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Zhang G, Bai J, Tebbe CC, Huang L, Jia J, Wang W, Wang X, Zhao Q, Wen L, Kong F, Xi M, He Q (2024) Habitat-specific responses of soil organic matter decomposition to Spartina alterniflora invasion along China’s coast. Ecol Appl 34(1):e2741, DOI:10.1002/eap.2741
- 3
Schrader L, Trautner J, Tebbe CC (2024) Mikrobielle Zersetzungsgemeinschaften von Bauholz. Biospektrum 30(5):530-532, DOI:10.1007/s12268-024-2258-y
- 4
Wang H, Dumack K, Rissi DV, Finn D, Bonkowski M, Tebbe CC (2024) Profiling the eukaryotic soil microbiome with differential primers and an antifungal peptide nucleic acid probe (PNA): Implications for diversity assessment. Appl Soil Ecol 200:105464, DOI:10.1016/j.apsoil.2024.105464
- 5
Krause SMB, Szoboszlay M, Dier M, Erbs M, Manderscheid R, Weigel H-J, Tebbe CC (2023) Impact of elevated atmospheric CO2 on the wheat rhizomicrobiome under the additional influence of warming, drought, and nitrogen fertilization. Eur J Soil Biol 117:103515, DOI:10.1016/j.ejsobi.2023.103515
- 6
Finn D, Schroeder J, Samad MS, Poeplau C, Tebbe CC (2023) Importance of sample pre-treatments for the DNA-based characterization of microbiomes in cropland and forest soils. Soil Biol Biochem 184:109077, DOI:10.1016/j.soilbio.2023.109077
- 7
Zhang G, Bai J, Tebbe CC, Huang L, Jia J, Kong F, Xi M, He Q (2023) Plant invasion threatens coastal blue carbon sequestration. Bull Ecol Soc Am 104(1):e02030, DOI:10.1002/bes2.2030
- 8
Finn D, Samad MS, Tebbe CC (2022) One-step PCR amplicon sequencing libraries perform better than two-step when assessing soil microbial diversity and community profiles. FEMS Microbiol Lett 369(1):fnac079, DOI:10.1093/femsle/fnac079
- 9
Zhang G, Bai J, Tebbe CC, Huang L, Jia J, Wang W, Wang X, Yu L, Zhao Q (2022) Plant invasion reconstructs soil microbial assembly and functionality in coastal salt marshes. Mol Ecol 31(17):4478-4494, DOI:10.1111/mec.16600
- 10
Finn D, App M, Hertzog LR, Tebbe CC (2022) Reconciling concepts of black queen and tragedy of the commons in simulated bulk soil and rhizosphere prokaryote communities. Frontiers Microbiol 13:969784, DOI:10.3389/fmicb.2022.969784
- 11
Lerner H, Öztürk B, Dohrmann AB, Thomas J, Marchal K, De Mot R, Dehaen W, Tebbe CC, Springael D (2021) DNA-SIP and repeated isolation corroborate Variovorax as a key organism in maintaining the genetic memory for linuron biodegradation in an agricultural soil. FEMS Microbiol Ecol 97(5):fiab051, DOI:10.1093/femsec/fiab051
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Finn D, Bergk-Pinto B, Hazard C, Nicol G, Tebbe CC, Vogel TM (2021) Functional trait relationships demonstrate life strategies in terrestrial prokaryotes. FEMS Microbiol Ecol 97(5):fiab068, DOI:10.1093/femsec/fiab068
- 13
Szoboszlay M, Tebbe CC (2021) Hidden heterogeneity and co-occurrence networks of soil prokaryotic communities revealed at the scale of individual soil aggregates. Microbiol Open 10(1):e1144, DOI:10.1002/mbo3.1144
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Schroeder J, Kammann L, Helfrich M, Tebbe CC, Poeplau C (2021) Impact of common sample pre-treatments on key soil microbial properties. Soil Biol Biochem 160:108321, DOI:10.1016/j.soilbio.2021.108321
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Hemkemeyer M, Tebbe CC (2021) Importance of soil primary particles for shaping the diversity and activity of soil microbial communities - Results of a meta-analysis. Verhandl Gesellsch Ökol 50: 128
- 16
Zhang G, Bai J, Tebbe CC, Zhao Q, Jia J, Wang W, Wang X, Yu L (2021) Salinity controls soil microbial community structure and function in coastal estuarine wetlands. Environ Microbiol 23(2):1020-1037, DOI:10.1111/1462-2920.15281
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Geisen S, Hartmann M, Tebbe CC (2021) The European Journal of Soil Biology: A catalyst for soil biodiversity research. Eur J Soil Biol 102:103262, DOI:10.1016/j.ejsobi.2020.103262
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Hernandez M, Vera-Gargallo B, Calabi-Floody M, King GM, Conrad R, Tebbe CC (2020) Reconstructing genomes of carbon monoxide oxidisers in volcanic deposits including members of the class ktedonobacteria. Microorganisms 8(12):1880, DOI:10.3390/microorganisms8121880
