Institut für
FG Forstgenetik
Projekt
SNP-Pappel
SNP-Diagnose züchtungsrelevanter Eigenschaften von Salicaceaen
Mit der Verfügbarkeit der annotierten Genom-Sequenz von Populus trichocarpa und die sehr großen Sammlungen von EST-Sequenzen besteht die Herausforderung heute darin, Züchtung und Züchtungsstrategien auf der Ebene der Gene oder sogar darunter zu beschreiben.
Hintergrund und Zielsetzung
Eine der großen Herausforderungen ist die Variabilität der Genexpression mit der Nukleotitdiversität zu beschreiben. Die Ziele dieses Projekts sind daher die Nukleotitdiversität in für die Züchtung relevanten Klonen und Hybriden zu evaluieren; der Aufbau einer SNP Datenbank der Pappel für mindestens 20 Kandidaten-Gene für züchtungsrelevante Eigenschaften; und vergleichende Analysen von Genen mit höchsten SNP-Polymorphismen zu quantitativen Merkmalen.
Vorgehensweise
Eine Möglichkeit zur SNP-Diagnose züchtungsrelevanter Eigenschaften ist der sogenannte Gen-Kandidaten Ansatz. Hier werden Gene a priori als mögliche Kandidaten für z. B. Trockentoleranz, Wund-/Krankheitsresistenz, vegetative Bewurzelbarkeit, Biomasseleistung (CO2-Fixierung), Lignifizierung, usw. ausgewählt und die Variation auf die DNA-Ebene in verschiedenen Individuen und Klonen bestimmt. Daher sollen in diesem Projekt für mindestens 20 Kandidaten-Gene in Pappelklonen die Nukleotitdiversität bestimmt und in einer SNP Datenbank festgehalten werden.
Ergebnisse
Die aus dem Vorhaben zu erwartenden Erkenntnisse werden wichtige Aufschlüsse über die kommerzielle Verwendbarkeit von über SMART-Breeding optimierten Pappelgenotypen liefern. Die wissenschaftlichen Erfolgsaussichten sind sehr hoch, da grundlegende Erkenntnisse über die Beziehung zwischen SNP-Mustern und der Ausprägung von Merkmalen erwartet werden.
Thünen-Ansprechperson
Thünen-Beteiligte
Beteiligte externe Thünen-Partner
- Nordwestdeutsche Forstliche Versuchsanstalt (NW-FVA)
(Göttingen, Hann. Münden, Deutschland)
Geldgeber
-
Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft (BMEL)
(national, öffentlich)
Zeitraum
6.2010 - 5.2013
Weitere Projektdaten
Projektstatus:
abgeschlossen
Publikationen zum Projekt
- 0
Schröder H, Kersten B, Fladung M (2018) Chloroplasten- und Kernmarker-Sets zur Unterscheidung von bis zu 19 Pappelarten (Genus Populus). In: Ammer C, Bredemeier M, Arnim G von (eds) FowiTa : Forstwissenschaftliche Tagung 2018 Göttingen ; Programm & Abstracts ; 24. bis 26. September 2018. Göttingen: Univ Göttingen, Fakultät für Forstwissenschaften und Waldökologie, p 420
- 1
Schröder H, Kersten B, Fladung M (2018) Identifizierung von 19 verschiedenen Pappelarten mit Hilfe von Chloroplasten- und Kernmarker-Sets. Landbauforsch Appl Agric Forestry Res 68(1-2):27-34, DOI:10.3220/LBF1531742472000
- 2
Kersten B, Faivre Rampant P, Mader M, Le Paslier M-C, Bounon R, Berard A, Vettori C, Schröder H, Leplé J-C, Fladung M (2016) Genome sequences of Populus tremula chloroplast and mitochondrion: Implications for holistic poplar breeding. PLoS One 11(1):e0147209, DOI:10.1371/journal.pone.0147209
- 3
Gebhardt K, Hoffmann M, Fladung M, Janßen A (2015) Associations of SNPs and phenotypic variables of breeding value in poplars. Thünen Rep 26:164-167
- 4
Höltken AM, Fladung M, Streckenbach M, Dujesiefken D (2013) Möglichkeiten DNA-basierter Methoden für Baumgutachten. Jb Baumpflege 2013:19-25
- 5
Brügmann T, Fladung M (2013) Potentials and limitations of the cross-species transfer of nuclear microsatellite marker in six species belonging to three sections of the genus PopulusL.. Tree Genetics Genomes 9(6):1413-1421, DOI:10.1007/s11295-013-0647-3
- 6
Pfennig K, Hoffmann M, Brauer M, Liepelt S, Fladung M, Gebhardt K (2012) SNP - Diagnose züchtungsrelevanter Eigenschaften von Salicaceaen. Beitr Nordwestdt Forstl Versuchsanst 8:379-380
