Nach dem Studium der Forstwirtschaft sowie Geographischer Informationssysteme und Management, hat Dr. Baldauf seit 2007 das Thünen-Institut für Weltforstwirtschaft verstärkt. Im Zuge längerer Forschungsaufenthalte in Madagaskar und Brasilien hat Thomas Baldauf seine Kenntnisse insbesondere im Bereich REDD+ vertieft, und 2013 zum Thema Monitoring reduced emissions from deforestation and forest degradation (REDD): capabilities of high-resolution active remote sensing data mit Auszeichnung promoviert. Parallel dazu hat er seit 2011 aktiv im Auftrag des BMEL die Klimaverhandlungen unter UNFCCC mit dem Fokus auf REDD+ begleitet.
Nach der Restrukturierung und der Zusammenlegung der Thünen-Institute für Forstökonomie und für Weltforstwirtschaft, hat Thomas Baldauf im neu geschaffenen Institut für Internationale Waldwirtschaft und Forstökonomie den Teilbereich Begleitung Internationaler Waldpolitiken geleitet.
Nach seinem Wechsel an das Landwirtschaftsministerium bleibt er dem Institut weiterhin als Ansprechpartner verbunden.